Última alteração: 2016-08-04
Resumo
Em biologia computacional, um dos problemas mais importantes é a determinação da estrutura tridimensional de uma proteína. Esta estrutura pode ser determinada experimentalmente de duas maneiras: através de técnicas de Ressonância Magnética Nuclear (RMN) ou técnicas de Cristalografia Raios X. Nosso trabalho foi comparar dois métodos que se baseiam em dados da primeira. No entanto, de maneira geral, a RMN fornece apenas um conjunto esparso de distâncias entre os átomos de uma molécula. Neste caso, o problema é determinar a estrutura tridimensional da proteína usando informação sobre distâncias, conhecido na literatura por Discretizable Molecular Distance Geometry Problem (DMDGP). Os métodos são: o Branch and Prune (BP) via matrizes de rotações e o Clifford Symetric Branch and Prune (C-SymBP) via Álgebra Geométrica Conforme desenvolvido pelo professor Valter em sua tese. Ambos os algoritmos são muito bons, suas diferenças básicas são: o BP por resolver via matrizes de rotação, necessita de ângulos, de dobra e torção, como dados de entrada, este fato o torna menos flexível a problemas que envolvem outras dimensões além do R três , ao contrário do C-SymBP que devido a uma interpretação natural dos objetos relevantes ao problema, via seu modelo de geometria, necessita apenas de algumas distâncias entre os átomos da molécula. Com esta formulação o C-SymBP basicamente faz cálculos de intersecções de esferas, oriundas dessas distâncias como seus raios, para localizar as coordenadas de pontos no espaço geométrico, portanto pode ser estendido facilmente para qualquer dimensão nesta álgebra.