O ecossistema de manguezal está entre o mais produtivo e importante ecologicamente nas áreas estuarinas. A importância socioeconômica do manguezal, o desconhecimento de sua dinâmica nas áreas estuarinas do Paraná e ainda, à carência de informações sobre as comunidades de microrganismos nativos de sedimentos, confere ao Complexo Estuarino de Paranaguá um possível banco genético ainda inexplorado. A proposta desta pesquisa envolveu a bioprospecção de fungos do solo de dois manguezais da Baía de Paranaguá (um conservado - Floresta Estadual do Palmito, e outro degradado - bairro Vila São Vicente), visando à ocorrência de possíveis bioindicadores da qualidade ambiental. As coletas foram realizadas na baixa-mar no outono de 2014. O bosque foi dividido em dois transectos paralelos a linha d’água (margem e centro) e estes foram subdividido em cinco pontos de coleta, totalizando 10 amostras por manguezal. O solo foi diluído (1:10) em água peptonada 0,1% e agitados por 10 minutos. Em seguida, 3 fatores de diluição foram plaqueados em triplicata em meio Martin, para isolamentos de fungos filamentosos e meio YWAC para leveduras. As placas foram incubadas à 28ºC por 7 dias, foram contadas as unidades formadoras de colônias (UFC) e isoladas as morfologicamente distintas de cada ponto. Foram obtidas colônias monospóricas dos fungos filamentosos e realizada a purificação por esgotamento da alça das leveduras. Análises estatísticas (ANOVA) indicaram que para os fungos filamentosos as médias diferiram tanto da margem para o centro, quanto de manguezal para manguezal, sendo o manguezal conservado o que apresentou a maior média de organismos. Para leveduras houve diferença significativa entre os transectos (margem com 50% mais fungos do que o centro), entretanto as médias não diferiram entre os manguezais. Dos 244 fungos isolados a partir do meio Martin cerca de 15 foram identificados como leveduras e dos 232 isolados a partir do meio YWAC, apenas 28 foram identificados como leveduras, sugerindo que o meio de cultura YWAC não é o mais adequado para o isolamento de leveduras, embora descrito na literatura. Dados preliminares indicaram a predominância dos gêneros Trichoderma, Aspergillus e Penicillium em ambos os manguezais, a ocorrência de Alternaria e Paecilomyces somente no mangue antropizado e a ocorrência de Curvularia e Pestalotiopsis apenas no mangue preservado.